Après son deuxième dépôt de bilan en trois ans, Rouen est relégué administrativement en CFA 2 pour la saison 1998-1999.
Le début de saison est difficile, mais dès la mi-novembre, l’équipe enchaîne neuf victoires consécutives et prend la tête du championnat.
Cette série de succès s’accompagne d’un parcours héroïque en Coupe de France. Après être entré en lice au 3e tour, Rouen élimine successivement Caen (D2), Pacy-sur-Eure, Sarrebourg, Saint-Denis-Saint-Leu et la Montagnarde, atteignant les quarts de finale pour la première fois en 15 ans. Face à Sedan (D2), les Rouennais s’inclinent 2-0, mais sortent la tête haute.
En championnat, Rouen termine la saison sur une série de victoires et obtient sa montée en CFA lors de la 28e journée, après une victoire 2-0 contre Argentan à Diochon. Les supporters peuvent ainsi célébrer le retour en CFA, l’année du centenaire du club !