Le Football Club Rouennais a été fondé le 11 juillet 1899, avec Raoult Hurard comme premier président.
Dès 1901, les prairies de Sotteville ne servent plus qu’à la préparation, et le champ de courses devient le nouveau terrain de jeu du FCR. À l’époque, loin du professionnalisme actuel, les matchs se déroulent parfois avec seulement neuf joueurs contre onze, faute de combattants, et s’arrêtent parfois après la perte du seul et unique ballon de la partie.
Le 3 septembre 1899, le Football Club Rouennais rencontre l’Union Sportive Sottevillaise. Le match se déroule sur le terrain de la fête à Sotteville, et les Rouennais s’imposent 3-1, remportant ainsi l’une de leurs premières victoires à l’extérieur.
En 1902, Adam Ferris fait son entrée au club. Écossais d’origine, ce joueur expérimenté, au caractère bien trempé, rejoint le FCR après un différend avec le HAC alors qu’il évoluait au Standard Athlétique Club de Paris. Il se promet de terrasser le rival havrais avant son départ. Supérieur techniquement et tactiquement à ses coéquipiers, il insuffle un nouvel esprit de compétition.
À cette époque, le championnat haut-normand ne compte qu’une poignée d’équipes réparties en deux sections, terrestre et maritime, et la majorité des matchs sont amicaux. Les équipes havraises dominent les titres régionaux, mais les compétitions deviennent plus disputées, et le FCR réussit quelques belles performances, comme sa victoire 6-0 sur son terrain contre le Stade Français en 1903. Le niveau de jeu progresse, et la presse locale, notamment Le Journal de Rouen, commence à porter un intérêt croissant aux résultats du FCR.