Üç yıl içinde ikinci kez iflas başvurusunda bulunan Rouen, 1998-1999 sezonu için idari olarak CFA 2’ye düşürüldü.
Sezon başlangıcı zorlu geçti, ancak Kasım ortasından itibaren takım dokuz maç üst üste galip gelerek şampiyonluk yarışında liderliğe yükseldi.
Bu başarı serisi, Fransa Kupası’nda kahramanca bir performansla eşlik etti. 3. turda yarışmaya başlayan Rouen, sırasıyla Caen (D2), Pacy-sur-Eure, Sarrebourg, Saint-Denis-Saint-Leu ve La Montagnarde’yi eleyerek 15 yıl sonra ilk kez çeyrek finale yükseldi. Sedan (D2) karşısında 2-0 yenilen Rouen, başı dik bir şekilde turnuvadan ayrıldı.
Şampiyonada Rouen, sezonu bir dizi galibiyetle tamamladı ve 28. haftada Diochon’da Argentan’ı 2-0 yenerek CFA’ya yükseldi. Böylece taraftarlar, kulübün yüzüncü yılında CFA’ya dönüşünü kutlayabildi!