Alors que la pratique du football arrive dans la ville aux cent clochers sous l’impulsion de Willing, en 1896, l’idée de créer un club capable de rivaliser avec les équipes havraises, dont le HAC, émerge rapidement.

Grâce à ses pionniers (Willing, Hurard, les frères Diochon, Cousinard), le FCR est créé le 10 juillet 1899 sous le nom de Football Club Rouennais !

Le club organise ses premiers matchs sur le Champ de Courses à l’été 1899 et participe quelques années plus tard à la première édition du championnat de Haute-Normandie en 1903.

Malgré une brève interruption d’une saison et une fusion ratée entre le Football Club Rouennais et la Jeunesse Sportive Rouennaise, qui donne naissance au Sporting Club Rouennais, le FCR parvient à rivaliser avec son illustre rival le HAC. Alors que le club déménage successivement au Petit-Trianon puis au Grand-Trianon, les troupes du président Diochon parviennent à obtenir leur premier titre de Champion de Haute-Normandie en 1910 aux dépens du HAC !

Alors que le club enchaîne les titres régionaux, le FCR poursuit son ascension et se fait un nom en France, notamment lorsque les Diables Rouges atteignent la finale du championnat USFSA en 1913. Malgré la défaite en prolongation contre le Stade Hélvétique de Marseille devant 10 000 spectateurs au Grand-Trianon, cette finale pose les bases de l’empreinte que le FCR va laisser sur le football français dans les années à venir.

Vite trop à l’étroit au Grand-Trianon, Robert Diochon et le docteur Grasset obtiennent de la municipalité la concession du terrain des Bruyères jusqu’alors réservé au rugby. Le FCR s’installe officiellement sur le terrain des Bruyères en 1914 et qui quelques décennies plus tard prendra le nom de son illustre président.

La Première Guerre mondiale met un frein aux activités du FCR, mais dès la fin de la guerre, le club de Robert Diochon repart de l’avant et participe à la création de la Ligue de Normandie en août 1919.

Alors que le FCR lutte pour la suprématie régionale face aux Ciel et Marine, les Diables Rouges s’illustrent au niveau national et atteignent la finale de la Coupe de France en 1925 ! Une finale historique pour le FCR face au Sport Généraux qui se déroule en deux matchs puisque lors du premier acte, les deux équipes se neutralisent malgré les prolongations (1-1).

Malheureusement, le 10 mai 1925, les Rouennais s’inclinent face aux Parisiens malgré les deux buts de Boulanger en première mi-temps, sur le score de 3-2. La Coupe de France échappe de peu au FCR.

Alors que le début des années 1930 voit l’émergence des pépites de la formation rouennaise, dont un certain Jean Nicolas, le Football Club Rouennais participe à la professionnalisation du football français puisqu’il est invité à participer à la première édition du championnat de France, en 1932.

Cependant, les dirigeants rouennais refusent temporairement l’invitation avant de rejoindre la deuxième division un peu plus tard.
Rouen rejoint le monde professionnel et la D2 lors de la saison 1933-1934 et bat des records lors de son premier match de championnat qui se déroule aux Bruyères contre le Club Français, tout juste relégué de l’élite. Devant 6 000 spectateurs, le FCR s’impose sur le score incroyable de 12 à 3 avec un octuple de Jean Nicolas !

Pendant 3 saisons, le FCR se bat en haut du classement avant de rejoindre l’élite du football français à l’été 1936 !

Pour sa première saison dans l’élite, le FCR fait sensation grâce notamment à son attaque mitraillette qui fait des ravages sur les terrains de l’hexagone. Jean Nicolas inscrit pas moins de 27 buts lors de la saison 1936-1937 et emmène les Rouges à la 4ème place.

Le FCR commence à se faire une place parmi les meilleurs clubs français, mais son élan est stoppé par la Seconde Guerre mondiale qui éclate à l’été 1939.

Le club poursuit ses activités malgré les défis que représente l’organisation d’un championnat dans un territoire en proie à la guerre et parvient même à être sacré Champion de France en 1945 !

La fin de la Seconde Guerre mondiale s’avère difficile pour le club qui connaît en 1947 sa première relégation sportive et est rétrogradé en D2. Malgré ses ambitions de retour en D1, le FCR reste coincé dans l’antichambre de l’élite pendant 13 saisons consécutives !

Dans les années 60, le FCR fait son retour dans l’élite et parvient à s’y implanter durablement ! Cette période faste coïncide avec les premières épopées européennes du FCR.

Grâce à sa 8ème place lors de la saison 1962-1963, le FCR participe à la Coupe Rappan (ancêtre de la Coupe Intertoto) et réalise un parcours incroyable puisqu’en plus d’avoir réussi à passer la phase de poules, le FCR parvient à atteindre les demi-finales grâce notamment à une qualification historique face au Bayern Munich !

Si les Diables Rouges échouent en demi-finale face au Slovan Bratislava, le club aura une nouvelle occasion de briller sur la scène européenne, quelques années plus tard grâce à la Coupe des Villes de Foires (ancêtre de la Ligue Europa). Une fois de plus, le FCR réalise un parcours remarquable et échoue en 8e de finale après avoir tenu tête à Arsenal dans une double confrontation qui restera dans les annales avec un succès que les Anglais obtiennent dans les dernières minutes du match retour, à Highbury.

L’épopée européenne prend fin et les Diables Rouges passent du rêve au cauchemar en l’espace de quelques mois puisqu’en juin 1970, le FCR connaît ses premiers problèmes financiers qui entraînent sa relégation en D2.

Le club reste 7 saisons en D2 avant de faire un bref retour dans l’élite, puisqu’au terme d’une saison 1977-1978 cataclysmique, le FCR retombe en D2 et frôle le désastre financier.

René Monin, ancien proche de Robert Diochon et déjà président du FCR à trois reprises, remet le club sur les rails. Il fait entrer sur le banc un certain Robert Vicot qui avait déjà fait un passage sur le banc rouennais quelques années plus tôt. Sous sa houlette, le FCR joue un rôle de premier plan et parvient à retrouver l’élite à l’été 1982 !

Pour son retour en D1, la direction rouennaise souhaite d’abord pérenniser le club en D1. Les clés du succès se résument en deux points : Jean-François Beltramini qui, à 35 ans, revit en Normandie et un stade Diochon devenu une véritable forteresse où tombent tour à tour les leaders du championnat (Nantes, Bordeaux, Monaco, etc.).

Le FCR réalise deux belles saisons avant de connaître une saison 1984-1985 très difficile qui se solde par une défaite cruelle en barrages à Diochon où le Stade Rennais bat le FCR aux tirs aux buts et envoie le club en D2.

La chute du FCR en Division 2 fait très mal au club qui subit un an plus tard une relégation historique en Division 3. Le président de la Ligue de Normandie, André Sauvage, vient au chevet du FCR et le remet rapidement sur pied, les Diables Rouges se retrouvant rapidement dans l’antichambre du football français.

Le FCR se stabilise pendant plusieurs saisons en D2 et rêve d’un retour dans l’élite. Sous l’impulsion de la génération Lechevallier, Horlaville, Orts, les Diables Rouges échouent une première fois en play-offs lors de la saison 1989-1990 avant d’en passer très près lors de la saison 92-93 lorsque le FCR s’effondre après une élimination en Coupe de France contre Marseille qui coûte au club ses deux gardiens et bien plus encore.

La saison suivante est cataclysmique puisque le club chute en National 1 avant de déposer le bilan une première fois à l’été 1995.

Le club vit une deuxième descente administrative trois ans plus tard et tombe jusqu’en CFA 2. Au cinquième échelon, Rouen ne vit qu’une saison pour remonter directement et figure sur le devant de la scène nationale à la faveur d’un beau parcours en Coupe de France.

Le club gravit les échelons dans les saisons à venir, jusqu’à retrouver la Ligue 2 en 2003-2004, pour une année seulement, avant de descendre de National en CFA l’année suivante. Le FCR retrouve le National cinq saisons plus tard et se stabilise à ce niveau, jusqu’à espérer monter en Ligue 2. Un espoir gâché par un nouveau dépôt de bilan…

Le Football club de Rouen retrouve le niveau régional avec Fabrice Tardy à sa tête. Le club peine à se relever du cataclysme de l’été 2013 et doit faire face à une grande adversité. En mai 2017, après 4 saisons de purgatoire, le FCR est promu en National 3 et signe son retour dans les championnats nationaux !

Un retour difficile en cinquième division puisque le club est passé tout près de la catastrophe d’une nouvelle relégation et a sauvé sa peau lors du match final, face à Bayeux.

Ce sauvetage crée une nouvelle dynamique autour du club lors de la saison 2018-2019 avec l’arrivée sur le banc de David Giguel qui compose un nouveau staff et renouvelle l’équipe en profondeur. Les résultats sont là et la ferveur renaît dans les tribunes du stade Diochon. Pour ses 120 ans, le FCR valide son accession en National 2 !

La saison suivante, le club fait parler de lui dans toute la France grâce à son parcours exceptionnel en Coupe de France, marqué par une victoire éclatante en seizièmes de finale au Stade Diochon, face au FC Metz (L1), sur le score de 3-0 !
En 2021, le club entame un nouveau cycle avec l’arrivée de Maximilien De Wailly à la présidence du FCR.

De Wailly décède tragiquement en mars 2022. Charles Maarek prend la suite à la présidence du club. 
Un an plus tard, après une belle saison en National 2, le club désormais coaché ​​par Maxime D’Ornano retrouve le National, 10 ans après l’avoir quitté.

Un parcours exceptionnel en Coupe de France s’en suit, deux clubs de Ligue 1 éliminés malgré deux divisions d’écart. Toulouse, locataire du titre, tombe à Diochon dans une ambiance survoltée et à l’issue d’une séance de tirs au mais interminable. Le FCR fait ensuite chuter Monaco, après une nouvelle séance interminable avant d’être éliminé par Valenciennes, aux tirs au but encore.

La fin de saison en National est compliquée avec des problèmes économiques qui viennent gâcher le printemps. 
Le club est finalement sauvé pendant l’été et racheté par Tarkan Ser. Iwan Postel en devient le président et mène un projet ambitieux pour le FCR.